Cisapride đã được sử dụng để điều trị bệnh trào ngược dạ dày thực quản (GERD). Không có bằng chứng nó có hiệu quả cho việc sử dụng này ở trẻ em.[1] Nó cũng làm tăng việc làm rỗng dạ dày ở những người mắc bệnh dạ dày tiểu đường. Bằng chứng cho việc sử dụng nó trong táo bón là không rõ ràng.[2]

Ở nhiều quốc gia, nó đã bị rút hoặc bị hạn chế chỉ định vì các báo cáo về hội chứng QT dài tác dụng phụ, có thể gây rối loạn nhịp tim. Cơ quan Quản lý Thực phẩm và Dược phẩm Hoa Kỳ (FDA) đã ban hành một lá thư cảnh báo cho các bác sĩ,[3] và cisapride đã tự nguyện bị loại khỏi thị trường Hoa Kỳ vào ngày 14 tháng 7 năm 2000. Việc sử dụng nó ở châu Âu cũng bị hạn chế.[1] Nó đã bị cấm ở Ấn Độ và Philippines vào năm 2011.[4]